時間位在《星際大戰首部曲:威脅潛伏》後十年,銀河中竄起一股獨立星系力量,由前絕地武士杜庫伯爵領導,試圖率領一部分星系分裂銀河共和國。那卜星參議員佩咪艾米達拉前往銀河共和國首都,參與反對建立共和軍的議案。
針對不斷出現的分裂活動,議長白卜庭召集絕地以及已經退位成為參議員的佩咪(帕米)商討對策,與此同時,分離主義分子不斷潛入科勞肯試圖暗殺帕米。絕地師徒歐比王和安納金成功保護了帕米並抓到了其中一名刺客,賞金獵人薩姆·維賽爾(Zam Wesell);但審問她時她立刻被一枚飛來的毒鏢刺殺了。歐比王以毒鏢為線索,在餐館好友那裡打聽到這種毒鏢產自外層空間行星卡密諾;但當歐比王前往絕地資料室查找卡密諾的具體情況時,卻發現根本沒有相關資料。困惑的歐比王找到尤達詢問,尤達的其中一個徙弟做出判斷:有人不想讓他人看見,所以抹去了這些資料,但原因為何仍不得而知。
為了避免暗殺活動,帕米由安納金護送返回那卜,住在自己湖區的別墅里。安納金向帕米表示,歐比王總是低估了他的能力,帕米卻教導安納金不要那麼急著長大,然而其間一種微妙的感情依舊在兩人之間發生著,儘管兩人都知道絕地信條不允許他們之間的愛情。
歐比王獨自一人來到卡米諾,在那裡他終於知道了絕地大師西法迪亞斯(Sifo-Dyas)曾訂購複製人大軍的事,並見到了分離主義分子的重要成員之一——賞金獵人強格費特。歐比王嘗試逮捕強格費特,但不成功。雖然強格費特成功逃脫,但歐比王於他的船放置了追蹤器,並跟蹤他到了分離主義分子的基地基歐諾西斯(Geonosis),發現了分裂分子的首領杜庫伯爵,以及努特岡雷總督等人。歐比王向議會緊急通報了關於複製人大軍和分裂分子的事,但他自己也被杜庫發現。杜庫引誘他加入分裂組織被拒絕。
共和國議會召開緊急會議,並授予白卜庭臨時最高決策權力,白卜庭宣稱自己將使用複製人大軍保衛共和國(複製人戰爭)。
在那卜的安納金夜裡做惡夢,夢見自己的母親希米在受折磨,醒來後心神不定的安納金告訴帕米自己想要返回塔圖因尋找母親。在那裡他見到了自己同母異父的兄弟歐文拉爾斯,並得知母親被當地土著塔斯肯襲擊者(Tusken Raiders)掠走。夜間安納金闖入塔斯肯襲擊者的營地,見到了被折磨奄奄一息的西米,儘管安納金解救了她,她仍然在安納金的懷裡閉上了眼睛。怒不可遏的安納金砍殺了營地里的全部男女老幼,並認為自己沒能拯救母親是由於自己能力不夠強大。此時R2-D2向帕米通知了歐比王在基歐諾西斯遭遇的麻煩。儘管不是很情願,安納金仍舊陪同帕米前往基歐諾西斯營救歐比王,同時也從家中帶走了C-3PO。但在基歐諾西斯的機器人製造工廠內吃盡苦頭之後,他們也被強格費特抓獲。冷酷的杜庫伯爵將歐比王、安納金和帕米三人送上大角斗場,希望他們被放出的怪獸蹂躪至死。
這時雲度大師率領絕地武士團出現在角斗場營救歐比王等人,杜庫也放出大批機器人士兵。戰鬥中絕地大師魅使雲度砍下了強格費特的頭,但在無數機器人士兵的圍攻之下,絕地武士們傷亡慘重,最後僅剩包括歐比王、安納金和帕米在內的十幾人被團團包圍。杜庫正要下令開火之際,尤達大師率領複製人大軍及時趕到。複製人大軍與分裂分子的機器人軍隊展開戰鬥並逐漸取得優勢,此役被稱為基歐諾西斯戰役(Battle of Geonosis)。而歐比王和安納金在一個山洞裡找到了杜庫伯爵,但他們在與杜庫的光劍對決中落敗,安納金的右手被砍掉;後來儘管尤達大師擊退了杜庫,事情卻遠沒有結束。杜庫回到達斯西帝身邊,聲稱一切如計劃設計那樣,複製人戰爭(the Clone War)開始了;而這一點也被尤達深深感覺到了,共和國正陷入一個很難預計的前景之中。那卜的湖區里,安納金帶著他新換的機械右手,和帕米舉行了秘密婚禮,只有兩個機器人見證了這一切。