伊森韓特(湯姆克魯斯)在逮捕無政府恐怖組織「辛迪加」的領導人連恩後,接下新任務是阻止餘黨、以約翰拉克為首的12個「使徒」的瘋狂計畫,伊森韓特得早一步比「使徒」先拿到鈽元素,避免讓「使徒」在72小時內製造出核彈攻擊主要城市。然而,伊森韓特這項搶走鈽元素的任務執行失敗,他必須接受中情局的監督,讓中情局特務沃克(亨利卡維爾)進入IMF團隊,並且借助盟友伊爾莎(蕾貝卡弗格森 飾)的消息,合力再找回鈽元素。