在十四世紀,一個重要宗教會議,突遭五名神秘殺手破壞。英國聖芳濟各會修士威廉(史恩康納萊)負責追查幕後元兇,威廉在年青隨從(克里斯汀史萊特)協助下,一步一步向真相逼近,豈料,跟他作對的宗教裁判官貝納多(莫瑞亞伯拉罕)也來到了修道院。貝納多決意以酷刑杜絕一切異說,假如威廉堅持繼續追緝元兇,被追緝的將是威廉自己........