故事講述貿易聯邦的紐特甘雷總督以抵制船舶稅為由對那卜星(Naboo)實行了封鎖。絕地大師魁剛金和歐比王肯諾比師徒在絕地議會命令下被派遣為使節與貿易聯邦談判,試圖化解衝突,然而,他們並不知道黑暗西斯尊主達斯西帝已經掌控了貿易聯邦。紐特甘雷總督在得知前來的大使為絕地武士後,與達斯西帝聯繫,達斯西帝下令進攻那卜並攻擊前來的魁剛金和歐比王肯諾比。紐特甘雷於是切斷那卜的對外通訊,並集結大批機器人軍隊侵略那卜,綁架了那卜女王佩咪艾米達拉。魁剛金和歐比王肯諾比在化解了紐特甘雷的追殺後,藏身於入侵部隊的船艦一同登陸那卜,救下了女王佩咪艾米達拉,一行人逃離那卜,預備前往星際首都求援,但因引擎故障被迫降落到塔圖因。在塔圖因上,魁剛和歐比王結識了具有不尋常強大原力的年輕奴隸安納金天行者,並在安納金的幫助下成功得到了引擎,並帶夢想成為絕地武士的他一同前往星際首都。
於星際首都,那卜星參議員白卜庭告訴女王佩咪艾米達拉應要讓最高議長菲尼斯維洛倫下台,並賦予新議長更高權限以協助強勢處理貿易聯邦的問題,後由白卜庭角逐並獲選最高議長。女王佩咪艾米達拉決定回到那卜作戰,解救她的人民。佩咪艾米達拉先向那卜的水生土著剛耿族首領納斯頭目乞求軍事援助,納斯頭目同意了。那卜聯軍接著兵分三路:扎扎賓客斯帶領土著剛耿族大軍在大草原上與機器人大軍交戰;那卜皇家空軍攻擊貿易聯邦的機械軍團主控星艦;佩咪艾米達拉、安納金·天行者、魁剛金和歐比王肯諾比帶領小隊進攻那卜首都希德的王宮。原本是要躲藏在戰機內的安納金不意間將戰機啟動,在航天機器人R2-D2協助下炸毀了貿易聯邦星艦的主反應爐。主控星艦爆炸,陸地戰場上的機器人全部失去控制。希德王宮中,魁剛金和歐比王肯諾比師徒遇見了西斯武士達斯魔並進行光劍格鬥。格鬥中,達斯魔用光劍刺穿了魁剛金的身軀殺死了他,而歐比王肯諾比也最終將達斯魔腰斬為師報仇。
那卜戰役完結,魁剛金給歐比王留下遺言,希望他能訓練安納金天行者給原力帶來平衡。紐特甘雷總督被女王生擒並移交議會處理。魁剛金的葬禮上,絕地大師尤達和魅使雲度終於意識到了西斯的存在;其後尤達授予歐比王肯諾比絕地武士頭銜,並准許歐比王肯諾比訓練安納金天行者。