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電影一開始以紀錄片以及新聞快報的方式引導觀眾進入這個人類和外星人共存的世界,二十多年前,外星人首度造訪地球。人類以為外星人會發動攻擊,或是帶來超先進科技,結果兩者皆無。這些外星人是逃離家鄉的難民,人類對他們的處置方法仍然爭論不休,政府決定先將外星人安頓在南非的”第九禁區”。
然而人類對外星人的同情漸失,將這些維持治安的工作發包給民營的「國聯總部」,這家公司根本不顧外星人的福利。倘若國聯總部可以修好外星人強大的武器,他們便能從中獲利,卻至今都不成功。而啟動該項武器需要外星人的DNA。
外星族群與人類的衝突已經發展到最嚴重的關頭,因為國聯總部開始驅除外星族群離開第九區,該公司的探員負責要將它們遷移到新營地。國聯總部的當地負責人魏克斯染上外星人的病毒,DNA發生變化。魏克斯很快就成為通緝要犯,也是最有價值的逃亡者,因為他就是解開外星科技秘密的關鍵。如今魏克斯遭到排斥,眾叛親離,只能逃往第九禁區。
過去外星人電影都是外星人懷著惡意攻打地球,這次的外星人「蝦怪」(貌似蟑螂和蝦子的合體)卻無惡意,反倒是人類在壓迫外星人、還設立許多不准外星人出入的告示,將它們視為次等公民,顯示人性貪婪自私邪惡的一面。