故事主軸以"最大的敵人將是自己"暗示了蜘蛛人即將面臨內心黑暗勢力的挑戰。 身兼蜘蛛人和攝影師的彼得帕克除了要在女友瑪莉珍和自己的英雄身分間找到平衡外,另一方面,發現了殺害自己叔叔的真兇,讓充滿復仇意念的他走火入魔,累積的負面能量甚至讓他變身成黑蜘蛛人。除了要克服內在心魔,好友哈利為了報復殺父之仇,不惜反目化身成「綠惡魔二世」猛力攻擊蜘蛛人......