公元前5000年,天神族大法官阿里瑟姆(Arishem)從奧林匹亞星挑選10位擁有超能力的永恆族,派遣他們前往地球抵禦變異族的入侵。幾千年來,永恆族一直幫助人類抵禦變異族入侵,但不可干涉人類的發展或介入他們的戰爭。最後一批變異族在1521年被消滅後,永恆族內部對於是否繼續保護人類一事產生分歧,最終決定與人類不再往來,並等待阿里瑟姆將他們帶回母星。
來到現在,瑟西和絲派特一同住在倫敦。500年前,瑟西與前男友伊卡里斯分手,並結交了在倫敦自然史博物館工作的戴恩惠特曼。一天晚上,名叫克羅的變異族襲擊三人,伊卡里斯卻突然出現,暫時擊退克羅。瑟西、絲派特和伊卡里斯意識到情況不妙,因為克羅在受傷後竟能自癒,這並不是變異族應有的能力,於是決定緊急召集其他永恆族應對新的威脅,卻發現原本領導永恆族的阿賈克經已被變異族所殺,三人只好另想對策。
阿賈克去世後,將與阿里瑟姆溝通的能力傳給瑟西,通過溝通,瑟西才了解永恆族的主要任務並不是對付變異族,而是協助準備「神現」(The Emergence)。阿里瑟姆解釋,幾百萬年來,天神組一直在人口眾多的星球散播種子,藉此繁衍後代。然而,繁衍需要大量的人口,因此為確保人口的正常,便製造出變異族以消滅地球上的頂級掠食者,但因設計失誤,變異族在消滅了地球的頂級掠食者後,自身卻成為了頂級掠食者,所以製造了永恆族以消滅變異族。而八個月前的彈指事件後,地球的人口重歸正常,是時候讓天神提亞穆特(Tiamut)現身。
但幾千年來與人類的相處,永恆族已對人類產生深厚感情,他們決定違背阿里瑟姆的意願,阻止提亞穆特現身。諸克決定以費斯托斯所打造的「一體思維」,集合所有永恆族的能力,以心理控制手段令提亞穆特沉睡;可是伊卡里斯突然揭露自己由此至終均支持「神現」,更透露自己早已從阿賈克那裡得知一切的真相,在發現阿賈克有意阻止「神現」後,為確保「神現」順利完成,才迫不得已引誘她前往變異族的領地使其間接被害,卻沒有料到克羅吸收了阿賈克的治癒能力。絲派特因喜歡伊卡里斯,故選擇支持他,而金勾認為眾人的力量不足以阻止「神現」,決定與眾人分道揚鑣。
瑪卡瑞找到提亞穆特現身的活火山,卻發現絲派特和伊卡里斯早已等候多時,雙方隨即爆發衝突,而殺掉吉爾伽美什及為報復永恆族的變異族首領克羅亦同時出現。聖娜選擇獨自對付克羅並將之解決,其他永恆族則使盡全力控制伊卡里斯,諸克成功擊暈絲派特。費斯托斯隨即啟動一體思維,在最後關頭,伊卡里斯回想起自己在地球的生活,以及對瑟西的感情,轉而幫助眾人。但諸克卻因之前對付提亞穆特時耗盡精力,改由可改變一切物質的瑟西前去消滅提亞穆特。危機解除後,深感愧疚的伊卡里斯選擇飛向太陽自盡,仍有一體思維能力的瑟西幫助絲派特變成人類,讓她擺脫青春常註的詛咒。
事件結束後眾人再度分開。聖娜、諸克和瑪卡瑞乘坐多摩號(Domo)前往外太空尋找其他永恆族,瑟西、費斯托斯、金勾和絲派特留在地球繼續原有生活,但阿里瑟姆突然現身帶走瑟西、費斯托斯和金勾,指控他們違抗命令,需要接受審判。
與此同時,聖娜一行人發現瑟西等人失去聯絡,聖娜與瑪卡瑞突然感應到異樣,星狐與嘻哈鬥牛㹴憑空出現,透露自己可以提供協助。在地球上,戴恩惠特曼打開了祖先所傳的舊箱子,猶豫不決地看著箱中的烏木劍,這時有個話外音問他是否已經準備好了。