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故事情節緊接著第二部,海軍陸戰隊的飛船載著 蕾普利 、紐特、 希克斯與損壞嚴重的機器人主教 一起離開了 LV-426 。但他們不知道有異形侵入,異形的體液腐蝕艦內設備觸發火警和緊急撤離程序,蕾普莉等人的休眠倉被送入撤離飛船後脫離母艦墜毀在高級別監獄-復仇者 161星上,監獄內的管理人員不知道異形的存在,他們發現撤離艦後未做防護便將人救出。希克斯和紐特均已死亡,蕾普利甦醒後出於警惕要求救她的克里蒙斯醫生對紐特做屍檢,但屍檢後沒有發現異形。與此同時,異形通過監獄飼養的動物進行繁殖,通過屠宰場侵入建築設施。蕾普莉檢查撤離艦後發現有異形體液侵蝕痕跡,又去垃圾場找回生化人主教,訪問資料庫後確認異形侵入,遂向監獄長迪倫報告,但沒有得到重視。在此期間異形被一名清理通風扇的囚犯發現,異形用體液弄瞎了他導致他捲入風扇而死。
監獄長安德魯斯把船艦墜毀事件上報,卻發現韋蘭公司高層極度重視,產生懷疑後要求蕾普莉必須待在醫療室不得走動,但期間異形又殺兩人,第三人目擊後精神失常,之後異形侵入醫療室殺死克萊蒙斯醫生但放過蕾普莉,她跑去餐廳警告正在開會的眾人,與一眾囚犯目睹監獄長安德魯斯被異形抓進通風管道後殺死。
恐懼之下的囚犯們決定反擊自保,蕾普莉因異形放過她而開始懷疑自己體內也有異形,做了超聲檢查得到確認。由於監獄沒有武器,一開始計劃將異形炸死,但拿信號彈的囚犯被殺,信號彈落地引發爆炸,計劃落空。第二個計劃是用煉爐里的鉛水溺死異形,但異形成功逃脫,然後蕾普莉開啟水閘,放冷水導致滾燙的異形被炸碎。此時公司派來抓異形的小隊也已登陸,為了不讓公司拿到異形幼體,在囚犯莫斯的協助下,蕾普莉毅然從龍門吊上跳進煉鋼爐,與異形幼體一同化為灰燼。