~ 第80屆奧斯卡金像獎最佳音效剪輯、最佳混音、最佳剪輯 ~ ~ 英國電影學院獎最佳剪輯、最佳混音 ~
傑森包恩在六星期前的莫斯科大追捕後便毫無音訊,中情局指揮官潘蜜拉蘭迪將華德艾畢自殺之前與包恩的對話證據磁帶交給中情局局長艾茲拉克雷聽,艾茲拉始終認爲包恩對中情局仍然是極大的威脅。六星期後,英國倫敦一名《衛報》記者賽門羅斯得知關於包恩、「絆腳石計劃」以及「黑薔薇計劃」的內幕後回到倫敦,打算將所有事情公開,但在電話裏講述的一切不慎被梯隊系統偵測到。在美國紐約,「中央情報局最高反恐部」的監管人諾亞瓦森直接下令追查賽門的背景。此刻,包恩閱讀到賽門羅斯寫的一篇關於自己、瑪麗與絆腳石計劃的報導後,也立刻前往倫敦與羅斯在滑鐵盧車站會合,以追尋他得到資料的來源。
包恩首先假扮路人將手機塞入羅斯的口袋藉此聯絡他,指揮他避過刺客的追蹤,最後雖然成功躲開追蹤,卻也讓瓦森得知自己的行蹤。此時,中情局的狙擊手「派茲」已就定位,而包恩也發現所有攝影機全部調往其他方位而覺得不對勁,但輕率的羅斯因爲直接沖出去而被派茲一槍爆頭。包恩在人群混亂之際拿走了羅斯身上的筆記後轉身就跑,最後在羅斯的筆記中發現了一張照片,照片上的兩個人喚起了他零碎的記憶,隱約得知這兩人或許了解有關他的一切,得知是一位名為尼爾丹尼爾斯的中情局高官提供羅斯資訊後,立刻前往丹尼爾斯在馬德里的住處。
瓦森則透過過去曾追捕過包恩的潘蜜拉蘭迪那裏得知羅斯的線人就是丹尼爾斯後,立刻派人前往西班牙逮捕丹尼爾斯。包恩比瓦森的人馬早一步來到丹尼爾的住處,但那裡早已人去樓空,最後解決了瓦森派去的隊伍。此刻,絆腳石計畫的後勤人員妮琪帕森斯卻出現在包恩的面前,妮琪表示她知道丹尼爾的所在地後便與包恩一同行動。兩人來到丹吉爾,妮琪從自己身上的殺手檔案中得知瓦森派遣了刺客戴許準備刺殺丹尼爾,此時包恩要妮琪以連絡人的身分將戴許引出後進行跟蹤,利用其去找尋正在逃亡的丹尼爾斯。此刻沃森發現了包恩和妮琪同樣也在丹吉爾,於是便下達指令要戴許刺殺丹尼爾斯後將包恩及妮琪一同解決,收到訊息的戴許因此發現了跟蹤在後的包恩,最後利用摩托車藏的炸彈炸死了丹尼爾。
包恩受到炸彈波及倒地不起,戴許誤認為包恩死亡便騎車折返前去追殺妮琪,發現情況不對勁的妮琪混入人群逃跑。大難不死的包恩則騎車趕往營救,最後在千鈞一髮之際到達妮琪的位置,與戴許進行激烈對決,最後成功勒死了戴許,並利用戴許的手機傳訊給瓦森謊稱兩人已死。包恩因爲與戴許對打後受傷而受到妮琪的照顧,包恩發現自己殺的人越來越多,妮琪將自己的金發染黑剪短與包恩告別,直接坐長途車逃離丹吉爾。包恩隨後前往太平間查看丹尼爾的遺物,也在殘破的手提包裡找到一片印有CIA的文件碎片,於是立即前往紐約的中情局最高反恐部。
包恩利用未使用過的假身份成功入境紐約,潘蜜拉亦發現包恩使用的假身份而得知包恩未死,瓦森也因爲戴許的屍體被找到而繼續搜尋包恩。包恩首先在最高反恐部的對面大樓中打給潘蜜拉,潘蜜拉爲了沃德的犯罪證據磁帶而向他致謝,也向他爲了在柏林的事情而致歉。當包恩正要掛電話之際,潘蜜拉將包恩的真實身份告訴了他:本名大衛韋伯,出生於1971年4月15日的密蘇里州尼克薩。但包恩卻在離開前回答她:「妳該休息了,妳看起來很累了。」
瓦森聽到了對話內容得知包恩在紐約,也發現潘蜜拉已離開大樓而派人去追蹤,但卻在追蹤時接到包恩親自打來的電話,聊了一會兒後突然發現電話是從自己的辦公室打來。包恩利用這通電話錄下了瓦森的聲音來打開保險箱,拿走了保險箱中所有關於黑薔薇計劃的資料。瓦森發現上當後立刻命令所有特工在各處佈下天羅地網、授權所有人遇到目標後格殺勿論,也派打死羅斯的刺客派茲追殺包恩。包恩遭受著大批特工的追逐、逃亡後,開著一輛警車奪命狂奔,在快被派茲追到時遭遇車禍,包恩逃出後原本有機會殺死被困在車中的派茲,但卻「再度」無法下手。
期間,瓦森的手下突然發現包恩真實身份的生日為1970年9月13日,這與潘蜜拉告知的根本不符合,於是開始查找關於41571的資料;但瓦森搶先識破41571代表的是中情局醫療部門的『特別行動訓練中心』的地址—東71街415號。包恩到達後與潘蜜拉相遇,將黑薔薇計劃的全部資料交給她,潘蜜拉也認為此類計畫完全抹黑了他們加入的宗旨。瓦森來到訓練中心後在複印室找到潘蜜拉,卻發現潘蜜拉早已將黑薔薇計劃的所有資料全部影印發送出去,潘蜜拉發送完畢後,對瓦森說他最好找個好律師。
包恩來到訓練中心發現了記憶中的走廊、辦公室以及創造自己的幕後黑手:計畫首席醫療官阿爾伯特赫斯,而包恩在赫斯的幫助回憶下發現自己卻是絆腳石計劃的志願者。但最終也對赫斯表明:自己已經不是傑森包恩。此時,包恩在瓦森的隊伍追來後從窗戶逃離至頂樓,也和派茲再度遇上。派茲問包恩之前爲什麽不殺他,包恩回答他:「看看我們,看看他們讓你付出的是什麽?」包恩隨後從頂樓往下跳,但瓦森在包恩跳的同時對他開了一槍,包恩直接從行動中心頂樓掉進紐約東河中。
幾天後,妮琪在餐廳的電視看到新聞:「黑薔薇計劃的公開使中情局的陰謀被揭發,授權計劃的局長艾茲拉克雷默遭到司法調查,計畫的實施者阿爾伯特赫斯與諾亞瓦森被警察局逮捕,傑森包恩掉入河中的屍體經過三天的搜尋後依然沒有找到」。妮琪看到包恩至今下落不明的新聞後微微一笑,而當時,掉入河中的傑森包恩已經成功活了下來,也再度從河中游到不爲人知的地方……